Турнир проводится с 1996-го года. Вплоть до 2002-го года он назывался Всероссийским турниром среди мужских команд железнодорожников и транспортных строителей на призы МПС РФ. В 2003 году турнир не состоялся, а со следующего года получил новое название - Кубок президента ОАО «РЖД».
С 1996 по 2002 год чемпионами становились либо команда Красноярской железной дороги, либо Западно-Сибирской. Они были на голову сильнее своих соперников. С 2007-го года в борьбу за трофей вступили коллективы Дальневосточной, Свердловской и Восточно-Сибирской магистралей.
Долгое время турнир проводился в Красноярке, но в 2008 году Кубок президента ОАО «РЖД» перенесли в Екатеринбург в связи со 130-летием Свердловской железной дороги. В тот год победу одержали хозяева. Год спустя в Кубке участвовали лишь 12 команд. Не приехали в Красноярск железнодорожники Юго-Восточной, Северо-Кавказской, Сахалинской, Калининградской и Дальневосточной магистралей. Второй раз подряд обладателями кубка стали волейболисты из Екатеринбурга.
На следующий год ситуация повторилась. В финале снова сошлись Свердловская и Красноярская команды, и в третий раз подряд красноярцы уступили. Любопытно, что в матче за третье место в эти годы складывалась похожая картина. Между собой спорили Восточно-Сибирская и Забайкальская дороги, и оба раза сильнее оказывались сибиряки.
В 2011-м году впервые в своей истории победу в Кубке президента одержала команда ВСЖД. Трое игроков этой команды вошли в состав сборной ОАО «РЖД», которая победила на чемпионате МССЖ по волейболу, проходившем в октябре того года в Екатеринбурге.
Через год команда Восточно-Сибирской дороги подтвердила свой успех уже у себя дома. Турнир проводился на озере Байкал на базе МЧС РФ. В том же году было принято решение о пересмотре практики проведения последующих турниров на дорогах, чьи команды становились победителями. Это позволило существенно расширить географию проведения одного из самых престижных турниров в любительском железнодорожном спорте.
В 2013-м году Кубок президента ОАО «РЖД» проводился в самой западной части страны – в Калининграде. Тогда в самом длинном финале в истории турнира победу праздновали представители Красноярской магистрали. Они оказались сильнее дальневосточников, которые трижды (!) за последние три года выходили в финал, но довольствовались лишь серебряными медалями.
На следующий год красноярские великаны повторили свой успех, но уже в Санкт-Петербурге. Именно город на Неве в 2014-м году принимал этот турнир. На основе этой команды была сформирована сборная РФСО «Локомотив», в которую также вошли представители Свердловской, Забайкальской и Западно-Сибирской железных дорог. В 2015-м году сборная выступала на чемпионате МССЖ по волейболу и заняла там второе место.
Большинство игроков сборной РФСО «Локомотив» приняли участие в 19-м Кубке президента, но уже в составе сборных своих магистралей. Матч за третье место стал сибирским дерби между командами Западно-Сибирской и Восточно-Сибирской ж.д. И победу в нем одержали представители Запсиба. Финал же стал точной копией прошлогоднего, в нем снова встретились сборные Красноярской и Свердловской дорог. Свердловчанам не удалось взять реванш, а красноярцы стали победителями Кубка президента ОАО "РЖД" по волейболу в третий раз подряд и 11-й раз в истории проведения турнира.
В 2016-м году Кубок проводился в Новосибирске. На домашнем паркете спустя 15 лет победу одержала сборная Западно-Сибирской ж.д. За финалом, в котором команде Запсиба противостояла сборная Свердловской ж.д., наблюдал начальник Западно-Сибирской магистрали Анатолий Регер.
Спустя год снова Западно-Сибирские волейболисты праздновали успех на своей площадке. В финале Запсиб обыграл сборную Свердловской ж.д., которой уже на протяжении нескольких лет не удается преуспеть в главном матче турнира. Третье место заняла команда Восточно-Сибирской ж.д. Главным открытием Кубка президента ОАО "РЖД" по волейболу оказалась сборная Калининградской ж.д., занявшая пятое место (лучшее в истории этой команды).
Почетными гостями финальной игры и церемонии награждения стали: начальник Западно-Сибирской железной дороги Анатолий Регер, начальник Департамента социального развития ОАО «РЖД» Павел Бурцев, председатель РФСО «Локомотив» Илья Вдовин, председатель Дорпрофжел на Западно-Сибирской железной дороге Николай Шашков, генеральный директор ВК «Локомотив» Роман Станиславов.
За время проведения турнира его гостями были президент ОАО «РЖД» Владимир Якунин, губернаторы, начальники дорог, министры спорта областей и краев.